В далеком прошлом в селе Аграфеновка, а именно 16 апреля 1844 году была заложена каменная церковь во имя Одигитриевской Божьей Матери.  Её строительство закончилось  3 ноября 1846г. При церкви была создана  церковно -  приходская школа, которая в  1890г. реорганизовалась в  церковно - приходское училище. Постройка церкви со школой  создавались за  средства супруги генерала – майора Степана Леонова  Марии Алексеевны Леоновой.

 Прошла война в селе не осталось ни одного здания, которое не было бы разрушено. 16 мая 1946 году проходит общее  собрание колхоза «Большевистское поле»,  на котором  было принято решение о строительстве в селе Аграфеновка средней школы.   В 1948 году здание старой школы было построено.  Директором  школы  назначается Науменко Андрей Яковлевич.    Андрей Яковлевич  руководил школой до 1 сентября 1986 года. Его общий стаж работы на  руководящей должности  38 лет. После ухода с должности директора школы продолжал работать учителем истории до 1993 года. Общий педагогический стаж - 49 лет. 

Именно по инициативе  директора старой  школы Науменко Андрея Яковлевича  началось строительство новой школы в 1981 году.  В ноябре 1986 года современное здание школы было построено. Здание школы – типовое, двухэтажное. Максимальная расчётная наполняемость обучающимися 334 человек.   В школе располагаются 14 учебных кабинетов, спортивный и актовый залы, библиотека. Столовая.

 На основании приказа  № 138  от 10 ноября 1986г. по Родионово – Несветайскому РОНО директором новой школы был назначен - Безус Владимир Яковлевич. В 1989 году приказом № 2 по Родионово – Несветайскому РОНО Безус В.Я. назначается  заведующим РОНО.

  01 февраля 1989 г. на должность директора Аграфеновской  средней школы на основании выборов избирают Чубенко Виталия Николаевича приказ №4.  В августе 2015 года Виталий Николаевич принимает решение  отдохнуть от руководящей должности.  Проработав в должности директора школы  26 лет. В настоящее время работает учителем физической культуры. 

С  10.08.2015г. приказом Управления Образования Родионово – Несветайского района  директором школы  назначена Будникова Наталья Борисовна, которая успешно руководила школой до 27 июля 2024 года .В настоящее время  директором школы является Сидоренко Лариса Николаевна.